Hallinnosta vastaa Leppävirran kunta. Toimintaa varten perustetaan Leppävirran kunnalle toimielin ja yksikkö. Yksikkö sijoitetaan Leppävirran kunnan organisaatioon erilliseksi taseyksiköksi. Toimielimenä toimii seudullinen ympäristölautakunta, joka toimii Leppävirran kunnanhallituksen alaisena.
Seudullisessa ympäristölautakunnassa on kaksitoista (12) Leppävirran kunnanvaltuuston toimikaudekseen valitsemaa jäsentä ja yhtä monta henkilökohtaista varajäsentä seuraavasti: Joroisten, Heinäveden ja Leppävirran kunnilla on kullakin kaksi (2) jäsentä sekä Pieksämäen ja Varkauden kaupungeilla kummallakin kolme (3) jäsentä sekä yhtä monta henkilökohtaista varajäsentä. Äänten mennessä tasan, ratkaisee puheenjohtajan antama ääni äänestystuloksen.
Leppävirran kunnanvaltuusto valitsee lautakuntaan valituista puheenjohtajan ja kaksi (2) varapuheenjohtajaa.
Lautakunnan tehtävistä ja toiminnan muodoista ja asioiden esittelystä lautakunnan kokouksissa määrätään Keski-Savon seudullisen ympäristötoimen johtosäännössä ja toimintaan sovelletaan Leppävirran kunnan hallinto- ja muita sääntöjä.
Kuntien valtuustot hyväksyvät seudullisen yksikön ensimmäisen johtosäännön tämän sopimuksen hyväksymisen yhteydessä. Myöhemmät muutokset johtosääntöön hyväksytään Leppävirran kunnanvaltuustossa seudullisen ympäristölautakunnan esityksestä. Seudullisen ympäristötoimen johtosääntöä tarkistetaan tarvittaessa.